为了适应我国经济建设和社会发展对高层次专门人才的需要，改变工科学位类型比较单一的状况，完善具有中国特色的学位制度，1997年国务院学位委员会第十五次会议审议通过了《工程硕士专业学位设置方案》，特在我国设置工程硕士专业学位。
设置工程硕士专业学位是为实施科教兴国和可持续发展战略服务，促进科教、教育、经济紧密结合，为我国工矿企业和工程建设部门，特别是国有大中型企业培养和输送高层次工程技术和工程管理人才，增强我国企业实力和市场竞争能力。
由于2009年以前的学术型硕士跟不上发展的需要，硕士研究生是学术型的课程但是大部分确是不读博士出去找工作，大部分的单位都反映学术型硕士专业技能太差，工程研究能力弱，又没有什么学术研究能力，学术研究型项目其实也只能由博士来做，而所谓的学术型硕士根本没有什么研究能力。教育部觉得形势严峻，作出硕士研究生主要面向应用的决定，推出了“全日制专业型硕士”作为一种全新的研究生形势，并且从2010年开始减少学术型硕士，减少的名额用以增加全日制专业型硕士，最终达到专业型：学术型=7：3，全日制专业型硕士重点培养工程创新研究能力，培养高端应用型人才；而学术型硕士专门供给读完硕士后马上读博士的学术研究型人才和准备当教师的人才做中间跳板用。
其中，2009全日制工程硕士属于全日制专业型硕士的一种，从此参加一月份的全国统考通过的工程硕士是可以有“双证”待遇，接受全日制的培养，让工程硕士更上一个层次。
