工程硕士专业学位是与工程领域任职资格相联系的专业性学位，它与工学硕士学位处于同一层次，但类型不同，各有侧重。工程硕士专业学位在招收对象、培养方式和知识结构与能力等方面，与工学硕士学位有不同的特点。自主工程硕士（即所谓单证）只有学位证没有学历证；而通过每年一月份全国硕士研究生统考的工程硕士（即所谓双证），和工学硕士一样，有学历证和学位证。
